Die Bayerische Kurzohrmaus gilt seit ihrer Entdeckung 1962 in Bayern als verschollen, nur in Tirol wurde die Wühlmausart gelegentlich noch gefunden. Es ist das einzige Säugetier, das nur in Deutschland und Österreich lebt. Und das Einzige, das den Zusatz "bayerisch" im Namen trägt.
Forschende machen sich in Bayern auf die Suche nach dem fingerlangen Tier, das überwiegend unterirdisch lebt. Mit dabei ist auch der fast 90-jährige Entdecker der seltenen Maus, der Zoologe Claus König. Mit Fallen, Kameras und DNA-Tests rücken Biologen der Bayerischen Kurzohrmaus auf den Pelz. Sie wollen die Art retten, denn von Wühlmäusen ist bekannt, dass sie eine wichtige Rolle im Naturhaushalt einnehmen.
Drei vor kurzem noch am zweiten bekannten Lebensraum in Tirol gefangene Exemplare werden im Alpenzoo Innsbruck gehalten. Dort versuchen die Zoologen eine Nachzucht aufzubauen, doch alle Tiere scheinen männlich zu sein. Steht die Bayerische Kurzohrmaus also kurz vor dem Aussterben?
In der Reportage wird gezeigt: Artensterben passiert nicht nur in exotischen Urwäldern und Savannen, sondern direkt vor unserer Haustür – oft unbemerkt. Die Bemühungen um ihre Nachzucht im Zoo sowie der dramatische Versuch, die freilebenden Kurzohrmäuse in Bayern wiederzufinden und weitere Vorkommen zu suchen, werden erstmals filmisch dokumentiert. Der Film ist ein ebenso spannende wie unterhaltsame Spurensuche mitten in Bayern und Tirol.